O ciclo completo da auditoria operacional compreende as etapas de seleção, planejamento, execução, análise, elaboração de relatório, comentário do gestor, apreciação pela Corte, divulgação e monitoramento.
O processo de seleção do objeto de auditoria é o primeiro estágio do ciclo e visa selecionar um objeto que ofereça oportunidade para realização de auditoria que contribua para o aperfeiçoamento da administração pública e forneça à sociedade opinião independente sobre o desempenho da atividade pública.
Considerando que a ação do controle externo é ampla e os recursos para sua execução são limitados, o TCU define critérios que permitam orientar a aplicação desses recursos e aumentar a probabilidade de selecionar trabalhos de auditoria relevantes. Assim, inicialmente, são priorizadas as atividades que, por lei, precisam ser completadas com prazo e depois as atividades de iniciativa própria, integradas simultaneamente ao planejamento estratégico e ao sistema de planejamento anual do TCU.
Realizadas as escolhas estratégicas, definem-se os critérios que serão usados para selecionar objetos específicos de auditoria. O mais importante desses critérios é a capacidade de agregar valor, em razão das possíveis melhorias da gestão pública decorrentes da auditoria. Outros critérios são a materialidade, a relevância e a vulnerabilidade desses objetos.
A passagem do plano estratégico para o plano operacional dá-se pelo levantamento de informações atualizadas sobre a estrutura, funções e operações dos possíveis objetos de auditoria, permitindo a identificação de áreas com alta materialidade, que apresentem vulnerabilidades e que tenham potencial para que a auditoria contribua para gerar melhorias na administração.
O segundo estágio do ciclo é o planejamento da auditoria, que visa delimitar o objetivo e o escopo da auditoria, definir a estratégia metodológica a ser adotada e estimar os recursos, os custos e o prazo necessário a sua realização. Nesta fase define-se o projeto de auditoria, cujo produto principal é o papel de trabalho denominado matriz de planejamento.
No planejamento da auditoria aplicam-se as técnicas de diagnóstico de problemas com vistas a identificar os principais fatores que comprometem o desempenho do programa/órgão. O problema de auditoria delimita o escopo da auditoria e é examinado a partir de questões que objetivam averiguar o resultado das ações implementadas. Essas questões relacionam o problema às dimensões examinadas nos trabalhos dessa natureza, ou seja: economicidade, eficiência, eficácia e efetividade.
A matriz de planejamento apresenta, para cada questão de auditoria, as informações que serão necessárias para a sua análise; as fontes de obtenção de informações; os procedimentos de coleta e análise das informações; as limitações dela decorrentes; e, os potenciais resultados esperados (o que a análise vai permitir dizer).
Na fase de execução, terceiro estágio do ciclo, a equipe de auditoria realiza os trabalhos de campo e as pesquisas necessárias à coleta de dados, por meio de entrevistas, aplicação de questionários, observação direta, grupos focais, consultas a documentos e bases de dados. Após os trabalhos de campo, é elaborada a matriz de achados, síntese dos resultados obtidos. Cabe observar que tanto a matriz de planejamento, como a matriz de achados, são apresentadas e discutidas nos painéis de referência realizados pelo Tribunal com a participação de representantes de grupos de interesse, como os órgãos de controle interno, entidades da sociedade civil, academia e consultorias legislativas do Congresso. Nessas ocasiões, busca-se verificar a consistência da proposta de auditoria, bem como a relevância e adequação das conclusões (achados de auditoria) e propostas de recomendações. As sugestões dos participantes são incorporadas à versão final das respectivas matrizes e apresentadas à consideração dos gestores dos programas.
Os estágios quarto e quinto do ciclo tratam da elaboração do relatório preliminar; do seu encaminhamento ao gestor público, para comentários, e do encaminhado ao Ministro-relator para ser submetido à Corte. O sexto estágio se dá quando da apreciação do relatório pelo Tribunal. A etapa de divulgação do relatório, estágio sétimo do ciclo, tem a finalidade de ampliar o conhecimento da sociedade sobre os resultados das ações avaliadas, contribuindo para aumentar a efetividade do controle, por meio da mobilização da comunidade no acompanhamento e na apreciação dos objetivos, da implementação e dos resultados das políticas públicas. Para aumentar a probabilidade de resolução dos problemas identificados durante a auditoria, seja pela implementação das deliberações do TCU ou pela adoção de outras de medidas de iniciativa do gestor, realiza-se o monitoramento, tratado no oitavo estágio do ciclo, mediante o acompanhamento de um Plano de Ação, apresentado pelo gestor ao TCU, que formaliza as ações que serão tomadas para atender as deliberações.